Add integrityt check utils for R4B integrity
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Grahame Grieve
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7e9b148837
commit
4927d23273
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@ -0,0 +1,241 @@
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package org.hl7.fhir.r4.utils;
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import java.io.FileInputStream;
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import java.io.IOException;
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import java.io.InputStream;
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import java.util.ArrayList;
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import java.util.Collection;
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import java.util.Collections;
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import java.util.Comparator;
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import java.util.HashMap;
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import java.util.List;
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import java.util.Map;
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import org.hl7.fhir.r4.formats.JsonParser;
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import org.hl7.fhir.r4.model.CodeType;
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import org.hl7.fhir.r4.model.SearchParameter;
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import org.hl7.fhir.r4.model.StructureDefinition;
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import org.hl7.fhir.r4.model.StructureDefinition.TypeDerivationRule;
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import org.hl7.fhir.r4.utils.IntegrityChecker.SearchParameterNode;
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import org.hl7.fhir.r4.utils.IntegrityChecker.SearchParameterNodeSorter;
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import org.hl7.fhir.r4.utils.IntegrityChecker.SearchParameterParamNode;
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import org.hl7.fhir.r4.utils.IntegrityChecker.SearchParameterParamNodeSorter;
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import org.hl7.fhir.r4.utils.IntegrityChecker.StructureDefinitionNode;
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import org.hl7.fhir.r4.utils.IntegrityChecker.StructureDefinitionNodeComparer;
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import org.hl7.fhir.utilities.Utilities;
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import org.hl7.fhir.utilities.npm.NpmPackage;
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public class IntegrityChecker {
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public class SearchParameterNodeSorter implements Comparator<SearchParameterNode> {
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@Override
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public int compare(SearchParameterNode o1, SearchParameterNode o2) {
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return o1.name.compareTo(o2.name);
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}
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}
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public class SearchParameterParamNodeSorter implements Comparator<SearchParameterParamNode> {
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@Override
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public int compare(SearchParameterParamNode o1, SearchParameterParamNode o2) {
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return o1.sp.getCode().compareTo(o2.sp.getCode());
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}
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}
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public class SearchParameterParamNode {
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SearchParameter sp;
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boolean only;
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public SearchParameterParamNode(SearchParameter sp, boolean only) {
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super();
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this.sp = sp;
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this.only = only;
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}
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}
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public class SearchParameterNode {
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private String name;
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private List<SearchParameterParamNode> params = new ArrayList<>();
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public SearchParameterNode(String name) {
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this.name = name;
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}
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}
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public class StructureDefinitionNodeComparer implements Comparator<StructureDefinitionNode> {
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@Override
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public int compare(StructureDefinitionNode arg0, StructureDefinitionNode arg1) {
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if ( arg0.sd.getType().equals(arg1.sd.getType())) {
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return arg0.sd.getName().compareTo(arg1.sd.getName());
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} else {
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return arg0.sd.getType().compareTo(arg1.sd.getType());
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}
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}
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}
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public class StructureDefinitionNode {
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StructureDefinition sd;
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List<StructureDefinitionNode> children = new ArrayList<>();
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public StructureDefinitionNode(StructureDefinition sd) {
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this.sd = sd;
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}
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}
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private NpmPackage npm;
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public static void main(String[] args) throws Exception {
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IntegrityChecker check = new IntegrityChecker();
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check.load(args[0]);
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check.check();
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}
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private void check() throws IOException {
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checkSD();
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checkSP();
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}
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private void checkSP() throws IOException {
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List<SearchParameter> list = new ArrayList<>();
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for (String sdn : npm.listResources("SearchParameter")) {
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InputStream s = npm.load(sdn);
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SearchParameter sp = (SearchParameter) new JsonParser().parse(s);
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list.add(sp);
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}
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msg("Loaded "+list.size()+" resources");
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Map<String, SearchParameterNode> map = new HashMap<>();
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for (SearchParameter sp : list) {
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for (CodeType c : sp.getBase()) {
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String s = c.primitiveValue();
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if (!map.containsKey(s)) {
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map.put(s, new SearchParameterNode(s));
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}
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addNode(sp, sp.getBase().size() == 1, map.get(s));
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}
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}
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for (SearchParameterNode node : sort(map.values())) {
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dump(node);
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}
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}
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private void dump(SearchParameterNode node) {
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msg(node.name);
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for (SearchParameterParamNode p : sortP(node.params)) {
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String exp = p.sp.getExperimental() ? " **exp!" : "";
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if (p.only) {
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msg(" "+p.sp.getCode()+exp);
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} else {
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msg(" *"+p.sp.getCode()+exp);
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}
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}
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}
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private List<SearchParameterParamNode> sortP(List<SearchParameterParamNode> params) {
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List<SearchParameterParamNode> res = new ArrayList<>();
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res.addAll(params);
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Collections.sort(res, new SearchParameterParamNodeSorter());
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return res;
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}
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private List<SearchParameterNode> sort(Collection<SearchParameterNode> values) {
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List<SearchParameterNode> res = new ArrayList<>();
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res.addAll(values);
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Collections.sort(res, new SearchParameterNodeSorter());
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return res;
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}
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private void addNode(SearchParameter sp, boolean b, SearchParameterNode node) {
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node.params.add(new SearchParameterParamNode(sp, b));
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}
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private void checkSD() throws IOException {
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Map<String, StructureDefinition> map = new HashMap<>();
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for (String sdn : npm.listResources("StructureDefinition")) {
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InputStream s = npm.load(sdn);
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StructureDefinition sd = (StructureDefinition) new JsonParser().parse(s);
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map.put(sd.getUrl(), sd);
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}
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msg("Loaded "+map.size()+" resources");
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List<StructureDefinitionNode> roots = new ArrayList<>();
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for (StructureDefinition sd : map.values()) {
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if (sd.getBaseDefinition() == null || !map.containsKey(sd.getBaseDefinition())) {
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StructureDefinitionNode root = new StructureDefinitionNode(sd);
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roots.add(root);
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analyse(root, map);
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}
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}
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sort(roots);
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for (StructureDefinitionNode root : roots) {
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describe(root, 0);
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}
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}
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private void sort(List<StructureDefinitionNode> list) {
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Collections.sort(list, new StructureDefinitionNodeComparer());
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}
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private void analyse(StructureDefinitionNode node, Map<String, StructureDefinition> map) {
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for (StructureDefinition sd : map.values()) {
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if (node.sd.getUrl().equals(sd.getBaseDefinition())) {
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StructureDefinitionNode c = new StructureDefinitionNode(sd);
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node.children.add(c);
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analyse(c, map);
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}
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}
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sort(node.children);
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}
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private void describe(StructureDefinitionNode node, int level) {
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describe(node.sd, level);
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for (StructureDefinitionNode c : node.children) {
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describe(c, level+1);
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}
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}
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private void describe(StructureDefinition sd, int level) {
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String exp = sd.getExperimental() ? " **exp!" : "";
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if (sd.getDerivation() == TypeDerivationRule.CONSTRAINT) {
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msg(Utilities.padLeft("", ' ', level)+sd.getType()+" / "+sd.getName()+" ("+sd.getUrl()+")"+exp);
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} else {
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msg(Utilities.padLeft("", ' ', level)+sd.getType()+" : "+sd.getKind()+exp);
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}
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}
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// private int analyse(Map<String, StructureDefinition> map, List<StructureDefinition> list, StructureDefinition sd) {
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// if (!list.contains(sd)) {
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// int level = 0;
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// if (sd.hasBaseDefinition()) {
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|
// StructureDefinition p = map.get(sd.getBaseDefinition());
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|
// if (p == null) {
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|
// msg("Can't find parent "+sd.getBaseDefinition()+" for "+sd.getUrl());
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// } else {
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|
// level = analyse(map, list, p) + 1;
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// }
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// }
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// list.add(sd);
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// sd.setUserData("level", level);
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// }
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// }
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private void msg(String string) {
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System.out.println(string);
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}
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private void load(String folder) throws IOException {
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|
msg("Loading resources from "+folder);
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npm = NpmPackage.fromFolder(folder);
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|
}
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|
}
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@ -0,0 +1,300 @@
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|
package org.hl7.fhir.r4b.utils;
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import java.io.BufferedOutputStream;
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|
import java.io.ByteArrayOutputStream;
|
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|
import java.io.FileInputStream;
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import java.io.FileNotFoundException;
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||||||
|
import java.io.IOException;
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|
import java.io.InputStream;
|
||||||
|
import java.util.ArrayList;
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|
import java.util.Collection;
|
||||||
|
import java.util.Collections;
|
||||||
|
import java.util.Comparator;
|
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|
import java.util.HashMap;
|
||||||
|
import java.util.List;
|
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|
import java.util.Map;
|
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|
import java.util.Map.Entry;
|
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|
import java.util.zip.ZipEntry;
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|
import java.util.zip.ZipInputStream;
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|
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|
import org.hl7.fhir.r4b.model.CodeType;
|
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|
import org.hl7.fhir.r4b.model.SearchParameter;
|
||||||
|
import org.hl7.fhir.r4b.utils.IntegrityChecker.SearchParameterNode;
|
||||||
|
import org.hl7.fhir.r4b.utils.IntegrityChecker.SearchParameterNodeSorter;
|
||||||
|
import org.hl7.fhir.r4b.utils.IntegrityChecker.SearchParameterParamNode;
|
||||||
|
import org.hl7.fhir.r4b.utils.IntegrityChecker.SearchParameterParamNodeSorter;
|
||||||
|
import org.hl7.fhir.r4b.formats.JsonParser;
|
||||||
|
import org.hl7.fhir.r4b.formats.XmlParser;
|
||||||
|
import org.hl7.fhir.r4b.model.StructureDefinition;
|
||||||
|
import org.hl7.fhir.r4b.model.StructureDefinition.TypeDerivationRule;
|
||||||
|
import org.hl7.fhir.r4b.utils.IntegrityChecker.StructureDefinitionNode;
|
||||||
|
import org.hl7.fhir.r4b.utils.IntegrityChecker.StructureDefinitionNodeComparer;
|
||||||
|
import org.hl7.fhir.utilities.Utilities;
|
||||||
|
import org.hl7.fhir.utilities.npm.NpmPackage;
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public class IntegrityChecker {
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public class SearchParameterNodeSorter implements Comparator<SearchParameterNode> {
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@Override
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public int compare(SearchParameterNode o1, SearchParameterNode o2) {
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|
return o1.name.compareTo(o2.name);
|
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|
}
|
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|
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|
}
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||||||
|
|
||||||
|
public class SearchParameterParamNodeSorter implements Comparator<SearchParameterParamNode> {
|
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|
|
||||||
|
@Override
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||||||
|
public int compare(SearchParameterParamNode o1, SearchParameterParamNode o2) {
|
||||||
|
return o1.sp.getCode().compareTo(o2.sp.getCode());
|
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|
}
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||||||
|
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|
}
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|
public class SearchParameterParamNode {
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SearchParameter sp;
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boolean only;
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public SearchParameterParamNode(SearchParameter sp, boolean only) {
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super();
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this.sp = sp;
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|
this.only = only;
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}
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|
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|
}
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|
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|
public class SearchParameterNode {
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private String name;
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|
private List<SearchParameterParamNode> params = new ArrayList<>();
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public SearchParameterNode(String name) {
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|
this.name = name;
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|
}
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|
}
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|
|
||||||
|
public class StructureDefinitionNodeComparer implements Comparator<StructureDefinitionNode> {
|
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|
|
||||||
|
@Override
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||||||
|
public int compare(StructureDefinitionNode arg0, StructureDefinitionNode arg1) {
|
||||||
|
if ( arg0.sd.getType().equals(arg1.sd.getType())) {
|
||||||
|
return arg0.sd.getName().compareTo(arg1.sd.getName());
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
return arg0.sd.getType().compareTo(arg1.sd.getType());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
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|
public class StructureDefinitionNode {
|
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|
StructureDefinition sd;
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|
List<StructureDefinitionNode> children = new ArrayList<>();
|
||||||
|
|
||||||
|
public StructureDefinitionNode(StructureDefinition sd) {
|
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|
this.sd = sd;
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|
}
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|
}
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|
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||||||
|
private NpmPackage npm;
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|
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public static void main(String[] args) throws Exception {
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|
IntegrityChecker check = new IntegrityChecker();
|
||||||
|
check.load(args[0]);
|
||||||
|
check.check(args[1]);
|
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|
}
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|
private void check(String dst) throws IOException {
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|
checkSD();
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checkSP();
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checkExamplesXml(dst);
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||||||
|
checkExamplesJson(dst);
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|
}
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||||||
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||||||
|
private Map<String, byte[]> loadZip(InputStream stream) throws IOException {
|
||||||
|
Map<String, byte[]> res = new HashMap<String, byte[]>();
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||||||
|
ZipInputStream zip = new ZipInputStream(stream);
|
||||||
|
ZipEntry ze;
|
||||||
|
while ((ze = zip.getNextEntry()) != null) {
|
||||||
|
int size;
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|
byte[] buffer = new byte[2048];
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|
|
||||||
|
ByteArrayOutputStream bytes = new ByteArrayOutputStream();
|
||||||
|
BufferedOutputStream bos = new BufferedOutputStream(bytes, buffer.length);
|
||||||
|
|
||||||
|
while ((size = zip.read(buffer, 0, buffer.length)) != -1) {
|
||||||
|
bos.write(buffer, 0, size);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
bos.flush();
|
||||||
|
bos.close();
|
||||||
|
res.put(ze.getName(), bytes.toByteArray());
|
||||||
|
|
||||||
|
zip.closeEntry();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
zip.close();
|
||||||
|
return res;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
private void checkExamplesJson(String dst) throws FileNotFoundException, IOException {
|
||||||
|
Map<String, byte[]> files = loadZip(new FileInputStream(Utilities.path(dst, "examples-json.zip")));
|
||||||
|
for (Entry<String, byte[]> t : files.entrySet()) {
|
||||||
|
try {
|
||||||
|
new JsonParser().parse(t.getValue());
|
||||||
|
System.out.print(".");
|
||||||
|
} catch (Exception e) {
|
||||||
|
System.out.println("");
|
||||||
|
System.out.println("Error parsing "+t.getKey()+": "+e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
private void checkExamplesXml(String dst) throws FileNotFoundException, IOException {
|
||||||
|
Map<String, byte[]> files = loadZip(new FileInputStream(Utilities.path(dst, "examples.zip")));
|
||||||
|
for (Entry<String, byte[]> t : files.entrySet()) {
|
||||||
|
try {
|
||||||
|
new XmlParser().parse(t.getValue());
|
||||||
|
System.out.print(".");
|
||||||
|
} catch (Exception e) {
|
||||||
|
System.out.println("");
|
||||||
|
System.out.println("Error parsing "+t.getKey()+": "+e.getMessage());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
private void checkSP() throws IOException {
|
||||||
|
List<SearchParameter> list = new ArrayList<>();
|
||||||
|
for (String sdn : npm.listResources("SearchParameter")) {
|
||||||
|
InputStream s = npm.load(sdn);
|
||||||
|
SearchParameter sp = (SearchParameter) new JsonParser().parse(s);
|
||||||
|
list.add(sp);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
msg("Loaded "+list.size()+" resources");
|
||||||
|
Map<String, SearchParameterNode> map = new HashMap<>();
|
||||||
|
for (SearchParameter sp : list) {
|
||||||
|
for (CodeType c : sp.getBase()) {
|
||||||
|
String s = c.primitiveValue();
|
||||||
|
if (!map.containsKey(s)) {
|
||||||
|
map.put(s, new SearchParameterNode(s));
|
||||||
|
}
|
||||||
|
addNode(sp, sp.getBase().size() == 1, map.get(s));
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
for (SearchParameterNode node : sort(map.values())) {
|
||||||
|
dump(node);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
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private void dump(SearchParameterNode node) {
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msg(node.name);
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for (SearchParameterParamNode p : sortP(node.params)) {
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String exp = p.sp.getExperimental() ? " **exp!" : "";
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if (p.only) {
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msg(" "+p.sp.getCode()+exp);
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} else {
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msg(" *"+p.sp.getCode()+exp);
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}
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}
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}
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private List<SearchParameterParamNode> sortP(List<SearchParameterParamNode> params) {
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List<SearchParameterParamNode> res = new ArrayList<>();
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res.addAll(params);
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Collections.sort(res, new SearchParameterParamNodeSorter());
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return res;
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}
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private List<SearchParameterNode> sort(Collection<SearchParameterNode> values) {
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List<SearchParameterNode> res = new ArrayList<>();
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|
res.addAll(values);
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||||||
|
Collections.sort(res, new SearchParameterNodeSorter());
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||||||
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return res;
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}
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private void addNode(SearchParameter sp, boolean b, SearchParameterNode node) {
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node.params.add(new SearchParameterParamNode(sp, b));
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}
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private void checkSD() throws IOException {
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Map<String, StructureDefinition> map = new HashMap<>();
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for (String sdn : npm.listResources("StructureDefinition")) {
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InputStream s = npm.load(sdn);
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StructureDefinition sd = (StructureDefinition) new JsonParser().parse(s);
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map.put(sd.getUrl(), sd);
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}
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msg("Loaded "+map.size()+" resources");
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List<StructureDefinitionNode> roots = new ArrayList<>();
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for (StructureDefinition sd : map.values()) {
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if (sd.getBaseDefinition() == null || !map.containsKey(sd.getBaseDefinition())) {
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StructureDefinitionNode root = new StructureDefinitionNode(sd);
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roots.add(root);
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analyse(root, map);
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}
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}
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sort(roots);
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for (StructureDefinitionNode root : roots) {
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describe(root, 0);
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}
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}
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private void sort(List<StructureDefinitionNode> list) {
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Collections.sort(list, new StructureDefinitionNodeComparer());
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}
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private void analyse(StructureDefinitionNode node, Map<String, StructureDefinition> map) {
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for (StructureDefinition sd : map.values()) {
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if (node.sd.getUrl().equals(sd.getBaseDefinition())) {
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StructureDefinitionNode c = new StructureDefinitionNode(sd);
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node.children.add(c);
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analyse(c, map);
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}
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}
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sort(node.children);
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}
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private void describe(StructureDefinitionNode node, int level) {
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describe(node.sd, level);
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for (StructureDefinitionNode c : node.children) {
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describe(c, level+1);
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}
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}
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private void describe(StructureDefinition sd, int level) {
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String exp = sd.getExperimental() ? " **exp!" : "";
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if (sd.getDerivation() == TypeDerivationRule.CONSTRAINT) {
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msg(Utilities.padLeft("", ' ', level)+sd.getType()+" / "+sd.getName()+" ("+sd.getUrl()+")"+exp);
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} else {
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msg(Utilities.padLeft("", ' ', level)+sd.getType()+" : "+sd.getKind()+exp);
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}
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}
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// private int analyse(Map<String, StructureDefinition> map, List<StructureDefinition> list, StructureDefinition sd) {
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// if (!list.contains(sd)) {
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// int level = 0;
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// if (sd.hasBaseDefinition()) {
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// StructureDefinition p = map.get(sd.getBaseDefinition());
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// if (p == null) {
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// msg("Can't find parent "+sd.getBaseDefinition()+" for "+sd.getUrl());
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// } else {
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// level = analyse(map, list, p) + 1;
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// }
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// }
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// list.add(sd);
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// sd.setUserData("level", level);
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// }
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// }
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private void msg(String string) {
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System.out.println(string);
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}
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private void load(String folder) throws IOException {
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msg("Loading resources from "+folder);
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npm = NpmPackage.fromFolder(folder);
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}
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}
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